La contaminación de los alimentos esta directamente relacionada con el ambiente, el suelo es determinante en la flora bacteriana de frutas y verduras, la superficie de las ubres con la de la leche y en el caso de la carne por la piel de los animales.
Son las características físico-químicas de cada alimento las que favorecen la instalación de una flora bacteriana ya sea de tipo fúngica o floras provenientes de gérmenes, cuando se procesa la materia prima su flora se transforma, por lo tanto ocurren modificaciones en las características físico-químicas del alimento, dominando así ciertos géneros y especies microbianas que podrían causar alteraciones desagradables.
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