La mejor manera de regular los procesos microbianos es controlando los fermentos a utilizar, el principal problema lo representan los bacteriófagos, sobre todo en las industrias de la fermentación que utilizan bacterias, porque los bacteriófagos mediante sus ataques perturban y hasta pueden detener por completo el proceso de fermentación.
En el caso de la industria láctea por sus características tan propias la exposición a ataques fágicos es común, de manera que para controlar aromas y sabores debe racionalizarse la utilización de fermentos lácticos, lo ideal este tener fermentos lácticos que se adapten con facilidad al día a día de la leche de fabricación por lo que es muy importante tomar en cuenta la variabilidad de la materia prima en su composición y calidad bacteriológica.
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