La flora microbiana de la harina es muy escasa debido a los blanqueadores usados que disminuyen la carga, pero cuando las condiciones humedad crean un ambiente propicio para los microorganismos entonces se desarrollan generalmente del género Bacillus y mohos variados. Algunas bacterias aerobias pueden producir amilasa si hay mucha humedad, con menos humedad los mohos son los que se multiplican y se observa el crecimiento de su micelio y la formación de esporas de color negro.
Los alimentos elaborados con masa se pueden alterar estén frescos o refrigerados por las bacterias ácido lácticas, la mayoría son alteradas por Lactobacillaceae(género Lactobacillus) seguidas por el género Leuconostoc y en menor proporción del género Streptococcus.
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